Su nombre completo fue José Ramón Rojas de Jesús María, natural de Quetzaltenango (Guatemala). Fueron sus padres Lázaro Rojas, un funcionario público, y Felipa Morales. Tuvo siete hermanos, lo que, con los bajos ingresos recibidos por sueldo del padre, obligó a la familia a vivir en extrema austeridad. Esa vida con tanta limitación, aunada a la gran religiosidad de los padres, facilitó el que cinco de los ocho hijos optaran por la vida religiosa.
Su educación escolar la cursó con los frailes franciscanos, mostrando grandes aptitudes para la literatura, el dibujo y la música, artes estas que desarrolló durante toda su vida.
Una vez concluidos sus estudios elementales, se fue al convento, siendo aceptado como novicio a la edad de 18 años (en el año 1794) en el convento de los recoletos de "Cristo Crucificado" de Guatemala, ordenándose como sacerdote en 1798 en la orden seráfica de San Francisco de Asís. Más tarde ingresa a la Universidad de San Carlos, donde estudia Filosofía, Historia, Derecho y Teología, al tiempo que aprende varias de las lenguas indígenas. Esta rica formación le lleva a compartirla en las misiones de Centroamérica; allí será celoso misionero entre infieles por tierras de Nicaragua, Honduras y Costa Rica.
En 1822 estalla la guerra civil en Guatemala y es perseguido y encarcelado por defender los derechos de la Iglesia. En concreto, el partido vencedor, sin permiso de la Santa Sede, erigió en 1824 una nueva diócesis, San Salvador, y nombró obispo al cura Delgado, quien dejándose llevar de la vana carrera eclesiástica tomó posesión del gobierno eclesiástico. Frente a tal atropello y a la nueva constitución liberal de su patria, protesta junto a su arzobispo ante el Papa León XII. Esto le llevó a la cárcel en un calabozo durante dos meses y a punto de ser fusilado. En tales circunstancias, en enero de 1831, se dirigió a Puerto Trujillo en la Bahía de Honduras, consolando y evangelizando a grupos de pobres negros. Viendo que su vida corría peligro, tuvo que salir a media noche del 10 de abril sin poder salvar nada más que su breviario. Con rumbo incierto, se embarcó en la fragata francesa "Mariana Isabel, logrando anclar un 22 de junio de 1831 en el Callao.
Al estar sin documentos que acreditaran su condición de sacerdote y religioso, dirige sus pasos hasta el Convento de los Descalzos de Lima, donde le acogen fraternalmente. Aquí, obtenidas las licencias sacerdotales para predicar y confesar, se lanza por las calles de Lima y Callao, promoviendo el culto y devoción al Santísimo Sacramento y a la Virgen de Guadalupe, imagen que siempre llevaba consigo y que también pintaba; en unión del virtuoso lego Fray José M. Prieto, construye en el puerto del Callao con las limosnas recogidas una capilla dedicada la Virgen de Guadalupe y un pequeño hospital. En el Jubileo Santo de 1834 predicó a los presos, repara la capilla del Hospital de San Andrés. Al ver su preparación y celo, el arzobispo de Lima, Don Jorge Benavente, con quien tuvo una estrecha amistad, le encarga buscar la reforma de la población y de las órdenes religiosas, como efectivamente lo logró.
Su gran vocación misionera le llevó a las tierras de Cañete, Chincha y Pisco, culminando en Ica, donde se centró apostólicamente. Allá llevó una imagen de Nuestra Señora de Guadalupe y promovió intensamente su culto. En esta ciudad levantó el hospital de Guadalupe de Pisco, donde se cuenta que hizo brotar agua en medio del arenal, en el lugar conocido hoy como Pozo Santo.
Su fervoroso apostolado le lleva a edificar y restaurar iglesias y capillas, fundar hospitales y levantar casas de ejercicios espirituales. Su vida de abnegación y de entrega total a los demás produjo abundantes frutos espirituales entre el pueblo y los religiosos; nombrado visitador de éstos -franciscanos, agustinos y hermanos de san Juan de Dios-, renovando sus vidas, mediante el establecimiento de la disciplina y el cuidado del culto.
El presidente del Perú General Felipe Santiago Salaverry, a su paso por Ica, quedó admirado del fervoroso misionero y le propuso como obispo de Maynas, fray Ramón declinó por dedicarse de lleno a su apostolado iqueño. La tradición oral es muy viva al recordarle como propulsor y asiduo peregrino del Templo de la Virgen de Yauca. De igual modo, está viva en la memoria de los fieles numerosas gracias debidas a su intercesión. A él se le atribuye la calma del otrora amenazador volcán de Cerro Prieto.
Debilitado por los trabajos y mortificaciones, moría el 23 de julio de 1839, a los 63 años de una pleuresía causada por salir una noche de mucho frío y, estando enfermo, atender a la niña Presentación Mantillas en artículo de muerte, a quien consoló y cuya salud recuperó. Al entierro del Padre Guatemala asistió una multitud de más de 5 mil personas, en la antigua iglesia de la Merced –hoy catedral de Ica. Sus restos fueron sepultados en la capilla contigua y también levantada por él con la advocación de Jesús María, en la calle Cajamarca (Ica).
Como escribirá el historiador y hermano de su Orden, P. Julián Heras "a pesar de no haber permanecido sino cuatro años en Ica, la memoria del P. Guatemala no se ha borrado de los corazones de sus habitantes. Y todavía, después del siglo y medio de su muerte, perdura la fama de santidad de este humilde siervo de Dios".
Dada la popular veneración por parte de los fieles de Ica, en 1871 se inició el proceso de su beatificación, y Dios quiera pronto sea elevado a los altares.
Con motivo del centenario de la muerte de fray José Ramón, el diario el Imparcial de Guatemala le dedicó una edición especial el día 22 de julio de 1932, y la Sociedad de Geografía e Historia le rindió un homenaje póstumo.