Hijo de Baltasar Valdés, músico de profesión, y de María Cabada, de ascendencia africana. Gracias a sus padrinos pudo estudiar en el Colegio de San Ildefonso, en donde se perfeccionó en el latín, filosofía y teología. Al finalizar sus estudios optó por prepararse como cirujano y en 1788, con solo veintiún años se recibió como cirujano latino y continuó sus estudios de Medicina bajo los auspicios de Hipólito Unanue. Ya en 1792, se le concedió una licencia especial para ejercer la medicina, a pesar de no contar con el título. Con gran facilidad para los idiomas, dominó el inglés, italiano y francés.
Publicó tres artículos bajo el seudónimo de Joseph Erasistrato Suadel en el Mercurio Peruano y uno con sus iniciales, dedicándose a explicar sus conocimientos sobre la higiene, la disentería, la muerte ocasionada por hernia y sobre el veneno animal y sus remedios, llegando a traducir al latín la tesis doctoral de Unanue.
En 1807, y en presencia de Unanue, Miguel Tafur y José Manuel Dávalos sustentó su tesis de bachiller, Universidad de San Marcos; logrando el doctorado meses después. Con motivo de la invasión de Napoleón y la crisis suscitada en España y en América, participó en tertulias con otros médicos críticos del sistema virreinal, publicando numerosos artículos, al tiempo que ejerció como médico de varios hospitales como el célebre de San Andrés; su investigación «Cuestión médica sobre la eficacia del bálsamo de copaiba en las convulsiones de los niños» le valió ser incorporado a la Real Academia de Medicina de Madrid en 1815.
Fue el primer médico afroperuano de nuestra historia y un prócer de la Independencia ya que contribuyó con sus acciones a consolidar la incipiente República gracias a su obra científica y literaria. Así, con la llegada del general José de San Martín al campamento de Huaura, sitiando Lima, sufrió, al igual que todo el Ejército Libertador los males del cólera y las tercianas, la COVID de su tiempo. Fue Valdés uno de los estudiosos de la epidemia que azotó Lima en 1821 y que terminó por influir en la retirada del ejército realista a la sierra. Por tal razón, el propio San Martín reconoció -recién proclamada la Independencia- su apoyo, otorgándole la Orden del Sol. Además, fue designado médico de cámara del Gobierno. Al fundarse la Sociedad Patriótica en Lima el 10 de enero de 1822, tuvo como miembros a médicos insignes, tales como Unanue -vicepresidente-, Tafur, Paredes, Devoti y nuestro protagonista Valdés.
La historiadora Carmen McEvoy sitúa a Valdés como médico destacado en el apoyo a los expedicionarios de San Martín que morían en Huaura por las pestes, reivindicándolo como científico forjador de la República naciente. De hecho, al entrar en Lima el ejército expedicionario de San Martín, Valdés apoyó la causa de la Independencia, a la cual dedicó varios poemas, tales como sus odas a San Martín" (1821) y a Simón Bolívar" (1825).
Como señala Yobani Gonzales José Manuel Valdés fue el afrodescendiente más importante en la transición de la Colonia a la República. Transitó por la cultura letrada limeña como un miembro activo, escribió sobre medicina, realizó traducciones del latín al castellano, escribió sobre literatura y religión, y fue el médico de cabecera de la élite política y religiosa de Lima durante el siglo XIX. Llegó a ser un buen matemático, teólogo, filósofo y latinista, consiguiendo la estima y respeto de sus maestros, siendo uno de ellos el cosmógrafo Cosme Bueno, quien fue también uno de sus protectores.
Para 1827 fue designado catedrático de Medicina y participó en la reorganización del Colegio de Medicina; así mismo, fue diputado por Lima en 1831. Valdés era un hombre creyente en la religión y sometía sus escritos a la revisión de la curia eclesiástica para no generar problemas. Parece que pensó ser sacerdote, pero tuvo que desistir por los prejuicios de la época.
En 1833 publica el Salterio peruano, su obra poética religiosa más estudiada. Varios de los estudiosos de la literatura peruana citan la famosa obra de Valdés. Entre ellos, el gran intelectual español don Marcelino Menéndez Pelayo señaló que era «muy notable por la pureza de la lengua y dulzura de estilo que sabe a Fray Luis de León», y concluye que el Salterio era una de las mejores obras que ha salido en América y la mejor en castellano. Profundamente religioso, sus trabajos están combinados con largos pasajes bíblicos; de hecho, Luis Alberto Sánchez lo considera como escritor místico, y la crítica literata Milagros Carazas lo considera como "el poeta místico de armoniosa lira más relevante de nuestra literatura. Otros trabajos escritos con devoción religiosa fueron "La Fe de Cristo Triunfante en Lima" de 1828 y la clásica biografía de San Martín de Porres de 1833, en la que -identificándose con la atractiva figura del donado mulato dominico- logra belleza literaria, rigor científico, fervor religioso.
A partir de 1835 hasta su muerte acaecida en 1843 fue protomédico general de Perú. Fue catedrático de la escuela de medicina desde 1811 y director desde 1840. Hizo compatible su ejercicio de la medicina con la literatura, llegando a ser considerado notable historiador y hagiógrafo por su biografía de san Martín de Porres, así como varios poemarios místicos.
El Comercio - en su edición del 31 de julio de 1843- no ahorró palabras para rendirle un agradecido homenaje en el momento de su muerte:
El doctor Valdez, prestó a la patria servicios eminentes ilustrando con sus escritos el nombre del Perú, y dándole fama y estimación aun en las naciones más cultas de Europa. Como ciudadano fue obediente a las leyes y fiel observante de los deberes sociales. Como cristiano ha sido su vida entera un modelo de virtud y de santidad: la moderación, la humildad, la caridad, la piedad, hacían resaltar más la profunda sabiduría de que estaba adornado. Como médico poseía cono- cimientos eminentes en su facultad, y algunas disertaciones escritas por él sobre este ramo, han sido acogidas por los sabios de Europa con aplauso y admiración. Como literato encantaba por la sublimidad de su elocuencia, por lo vasto de su erudición, por su finura, por su gusto, y por el inmenso caudal de conocimientos científicos, que en su larga y estudiosa carrera había atesorado. Dotado de un talento claro y penetrante, y de una aplicación inmensa logró sobresalir en casi todos los ramos de la bella literatura, mereciendo que algunas academias de Europa, se honrasen de contarlo en el número de sus miembros. Como poeta puede decirse sin exageración, que era árbitro de los corazones por la dulzura de su lira como hombre privado y como amigo, estaba dotado el señor Valdez de las prendas más distinguidas: un corazón noble y generoso, unos sentimientos llenos de lealtad y franqueza, una familiaridad moderada pero circunspecta; unido todo esto a las gracias de un espíritu cultivado i lleno de poco comunes conocimientos, hacían sobremanera agradable su trato y comunicación.
